2006年度 瀬野研究室セミナー


平成18年度 数理生物セミナー(昨年度までの卒業研究セミナーから発展的に改編)【平成18年9月4日をもって終了】

Thieme, H.R., 2003.  "Mathematics in Population Biology", Princeton University Press, Princeton. の輪読
        Chapter Two  Birth, Death, and Migration(第2章 生成・死滅・移住)から順次

第1回:平成18年4月10日(月)午後1時〜 於 理A007 [第2回以後,毎週月曜日午後3時〜定期的に開催中]

平成18年度 数理生物コロキウム(昨年度までの論文紹介型セミナーから発展的に改編)

第1回 平成18年4月13日(木)
午後3時〜 理A007
松岡 功(M2)
Durrett, R. and Levin, S., 2000. Lessons on pattern formation from planet WATOR.(パターン形成について惑星WATORから学ぶ)J. theor. Biol., 205: 201-214.
第2回 平成18年4月19日(水)
午後3時〜 理A116
三倉潤也(D1)
Stengel, R.F., Ghigliazza, R., Kulkarni, N., 2002.  Optimal enhancement of immune response.(免疫応答の最適増進)Bioinformatics, 18(9):1227-1235.
第3回 平成18年4月27日(木)
午後3時〜 理A116
久保田聡(M1)
Vandermeer, J., Evans, M.A., Foster, P., Hook, T., Reiskind, M., and Wund, M., 2002.  Increased competition may promote species coexistence.(競争が激しくなれば種が共存し易くなるかもしれない)Ecology, 99(13): 8731-8736.
第4回 平成18年5月11日(木)
午後3時〜 理A007
松岡 功(M2)
Durrett, R., 1995.  Ten Lectures on Particle Systems.(パーティクルシステムに関する10の講義)In: Lectures on Probability Theory (Biane, P., and Durrett, R., eds), Lecture Notes in Mathematics, Vol. 1608, p. 97-118, Springer, Berlin.のChapter 1 Overview (Two Lectures)
第5回 平成18年5月18日(木)
午後3時〜 理A007
松岡 功(M2)
Durrett, R., 1995.  Ten Lectures on Particle Systems.(パーティクルシステムに関する10の講義)In: Lectures on Probability Theory (Biane, P., and Durrett, R., eds), Lecture Notes in Mathematics, Vol. 1608, p. 97-118, Springer, Berlin.のChapter 1 Overview (Two Lectures)【前回のつづき】
第6回 平成18年5月25日(木)
午後3時〜 理A116
三倉潤也(D1)
増 田直紀, 巳波弘佳, 今野紀雄, 2006.  構造と機能から見た複雑ネットワーク.応用数理, 16(1): 2-16.
第7回 平成18年6月1日(木)
午後3時〜 理A116
三倉潤也(D1)
増 田直紀, 巳波弘佳, 今野紀雄, 2006.  構造と機能から見た複雑ネットワーク.応用数理, 16(1): 2-16.【前回のつづき】
第8回 平成18年6月8日(木)
午後3時〜 理A116
久保田聡(M1)
Burton, R.F., 2004.  The mathematical treatment of leaf venation: the variation in secondary vein length along the midrib.(葉脈の数理的扱い:主脈に沿っての二次脈の長さの変化)Annals of Botany, 93: 149-156.
第9回 平成18年6月15日(木)
午後3時〜 理A116
松岡 功(M2)
Pascual, M. and Levin, S.A., 1999.  From individuals to population densities: Searching for the intermediate scale of nontrivial determinism.(個体から個体群密度へ:未明な決定論的構造が持つ中庸スケールを探す)Ecology, 80(7): 2225-2236.
第10回 平成18年6月22日(木)
午後3時〜 理A010
齋藤保久(静岡大学大学院創造科学技術研究部ベーシック部門先端科学分野)
講演題目『タイムラグ,パーマネンス,境界リヤプノフ汎関数』
パーマネンスを解析する手法の一つに,境界リヤプノフ汎関数を用いた方法がある。この方法は,解の挙動を直接追いながらパーマ ネンスを評価し,解が終局的に留まる第一象限の内部のコンパクトな領域(パーマネンス領域)をexplicitに定めることを可能にする。本講演では,タ イムラグをもつLotka-Volterra方程式に対する境界リヤプノフ汎関数を用いた方法を紹介する。
第11回 平成18年6月30日(金)
午後2時45分〜 理A010
Qiao Liang(University of New Mexico, Department of Mathematics and Statistics)
講演題目『Agent Based Modeling and Deterministic Modeling of Eciton Burchelli Swarm Patterns』
Eciton burchelli are a unique species of army ants that demonstrate distinct swarm behavior.  These ants have extremely poor eyesight, and therefore, they depend on the distribution and tracking of pheromone significantly in order to survive.  A simulated ant world is created in this project to observe the ants' reactions to different initial food distributions, and to determine the stability of their swarm patterns.  The goal of this project is to recover the swarm behavior observed in nature using the simplest possible behavioral rules, and to investigate the impact of intensity and direction of the pheromone trails on the emergent behavior of ants through simulations.  Several cases including a single food source, multiple food sources, and perturbations to the multiple food sources implemented by randomly placing barriers over established trails, are studied in this project.  In addition, a modified Fisher's equation is proposed to demonstrate ant swarm behavior.  This equation has a traveling wave solution that integrates the logistic growth and the diffusion of the ants' population density, and it incorporates the fact of pheromone trail drift and loss of population during a swarm.
第12回 平成18年7月6日(木)
午後3時〜 理A010
瀬野裕美
講演題目『A Discrete Prey-Predator System Dynamically Consistent with Structurally Unstable Lotka-Volterra ODE Model』
P.H. Leslie's way to construct a discrete two dimensional dynamical system dynamically consistent with the Lotka-Volterra type of competing two species ordinary differential equations is applied in a newly extended manner for the Lotka-Volterra prey-predator system which is structurally unstable.  I show that, independently of the time step size, the derived discrete prey-predator system is dynamically consistent with the continuous counterpart, keeping the nature of periodic orbit depending on the initial state. Further, I show that the extended way to construct the discrete prey-predator system can provide with a dynamically consistent model for the logistic Lotka-Volterra one.
第13回 平成18年7月13日(木)
午後3時〜 理A116
久保田聡(M1)
Rolland-Lagan, A.-G., Federl, P., Prusinkiewicz, P., 2004.  Reviewing models of auxin canalisation in the context of vein pattern formation in Arabidopsis leaves.(シロイヌナズナの葉脈パターン形成におけるオーキシンによる経路形成モデルの総説)Proceedings of the 4th International Workshop on Functional-Structural Plant Models, pp. 376-381.
第14回 平成18年7月20日(木)
午後3時〜 理A007
松岡 功(M2)
講演題目『About the new modification of mean-field approximation for the spatially discrete population dynamics model.(離散空間個体群動態モデルに対する新しい修正平均場近似について)』
離散空間個体群動態モデルに対する平均場近似モデルは,一般に,その変動や特徴を必ずしもうまく捉えられるとは限らない。本講演では,慣用の平均場近似に空間の特徴を組み込んで修正する手法について議論する。
第15回 平成18年7月27日(木)
午後3時〜 理A116
三倉潤也(D1)
Iwasa, Y., Michor, F., Nowak, M.A., 2004.  Virus evolution within patients increases pathogenicity.(患者の体内で進化してウイルスは病原性を増大する)J. Theor. Biol., 232: 17-26.
第16回 平成18年8月10日(木)
午前10時〜 理A010
松岡 功(M2)
久保田聡(M1)
講演1:『Length of Food Chain: Analysis of a Mathematical Model』(Tsutomu Matsuoka)
In ecosystem, plants produce energy by photosynthesis.  Energytransfers from plants to herbivores, and then, to carnivores through the food chain composed with trophic levels.  We consider the possible number of trophic levels in the food chain by analyzing an ODE model which governs the temporal variation of energy reserves in a food chain.  We can find the general condition with which the food chain has a finite upper bound for its length.  In such a specific case, we find that the lower trophic level in the possibly longest chain has greater energy reserve than the higher has, so that the food chain has a pyramid shape of the energy reserve distribution.  In addition, we can find the condition with which the length of food chain is unbounded.  Under such a condition, any finite chain cannot have a pyramid shape of the energy reserve distribution.

講演2:『Theoretical Consideration on The Existence of Keystone Species in a Competition System: Analysis of a Mathematical Model』(Satoshi Kubota)
We consider the Lotka-Volterra multi-species competition system, focusing on the state transition after deleting a species in it.  After the deletion of a species in the system, the secondary extinction of another species could occur due to the collapse of the balance in the competition.  We may call the species which deletion causes the secondary extinction the keystone species.  We investigate the condition that the secondary extinction occurs after the deletion of a species in the system at the coexistent equilibrium state, and identify the keystone species in the competition system.
第17回 平成18年8月11日(金)
午後3時〜 理A010
Qiao Liang(University of New Mexico, Department of Mathematics and Statistics)
講演題目『A Vaccination Model for Transmission Dynamics of Multiple-Strains of Avian Influenza Virus among Poultry』
Avian Influenza (AI) is resulted by type A strains of influenza virus, which has many subtypes due to different combinations of two main surface proteins, hemagglutinin [HA] and neuraminidase [NA].  Poultries infected with AI may suffer from extremely high mortality. In order to fight against the seem-to-be ongoing AI outbreaks global-wide, massive vaccination programs among poultries have been carried out in some regions. Starting with understanding the dynamics of a vaccination model for transmission of a single AI strain, we then consider the complexity of many virus strains coexist within the poultry population, using a status-based model which includes vaccination introduced immunity and step-wise mutation in a linear strain space.  We also explore the criteria, including vaccination thresholds, for the control of AI.
第18回 平成18年10月19日(木)
午後3時〜 理A116
松岡 功(M2)
Achter, J.D. and Webb, C.T., 2005.  Pair statistics clarify percolation properties of spatially explicit simulations.(ペア統計量を用いれば空間の入ったシミュレーションにおけるパーコレーション的特性が明らかになる)Theor. Popul. Biol., 69: 155-164.
第19回 平成18年10月26日(木)
午後3時〜 理A007
久保田聡(M1)
講演題目『メダケの葉の平行脈の空間構造に関する所見(経過報告)』
メダケの葉は単子葉であり,その主な葉脈は平行
(平行脈)で あるが,この主な葉脈間を結ぶ結合脈といわれる小さな葉脈がある。この結合脈は,水や光合成による生成物の運搬経路として最適な空間配置を持つと考えられ る。このことを考えるために,実際のメダケの葉の結合脈についてのデータから示唆される構造の性質について議論する。
第20回 平成18年11月2日(木)
午後3時〜 理A116
三倉潤也(D1)
De Boer, R.J. and Perelson, A.S., 1995.  Towards a general function describing T cell proliferation.(T細胞の分裂を記述する関数の一般化に向けて)J. Theor. Biol., 175: 567-576.
第21回 平成18年11月9日(木)
午後3時〜 理A116
松岡 功(M2)
Bergström, U., Englund, G. and Leonardsson, K., 2006.  Plugging space into predator-prey models: an empirical approach.(捕食者-被食者系へ空間を取り込む:ある経験的アプローチ)Am. Nat., 167: 246-259.
第22回 平成18年11月16日(木)
午後3時〜 理A116
久保田聡(M1)
Dimitrov, P. and Zucker, S.W., 2006.  A constant production hypothesis guides leaf venation patterning.(オーキシンの一定産生仮説により葉脈パターンを説明する)Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 103: 9363-9368.
第23回 平成18年11月24日(金)
午後3時〜 理A116
三倉潤也(D1)
Sole, R.V., Sardanyes, J., Diez, J., Mas, A., 2005.  Information catastrophe in RNA viruses through replication thresholds.(RNAウイルスの複製に関する閾値による情報カタストロフ)J. theor. Biol., 240: 353-359.
第24回 平成18年11月30日(木)
午後3時〜 理A116
松岡 功(M2)
Matsuda, H., Ogita, N., Sasaki, A. and Sato, K., 1992.  Statistical mechanics of population: The lattice Lotka-Volterra model.
(個体群の統計力学:ロトカ-ボルテラ格子モデル)Prog. Theor. Phys., 88: 1035-1049.
第25回 平成18年12月21日(木)
午後3時〜 理A116
久保田聡(M1)
Feugier, F.G., Mochizuki, A. and Iwasa, Y., 2005.  Self-organization of the vascular system in plant leaves: Inter-dependent dynamics of auxin flux and carrier proteins.(葉脈系の自己組織化:オーキシンの流れとキャリアプロテインの相互依存のダイナミクス)J. theor. Biol., 236: 366-375.
第26回 平成19年2月15日(木)
午後1時〜 理A116
上出太一郎(B4)
講演題目『空間を巡る競争に関するメタ個体群動態の数理モデル研究(A mathematical model for the metapopulation dynamics about the competition for space)』
空間を巡って競争する複数種のメタ個体群ダイナミクスを記述する数理モデルの構築と解析の結果 についてレポートする。



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